Được đôn lên đội một Sông Lam Nghệ An từ năm 2012, giai đoạn đầu Hồ Khắc Ngọc gặp khó khăn khi phải cạnh tranh suất đá chính với những cầu thủ như Ngô Hoàng Thịnh, Nguyễn Quang Tình,... Từ mùa giải 2012 đến 2015, anh chỉ có 5 trận đấu được đá chính, 32 trận vào sân từ băng ghế dự bị và không ghi được bàn thắng nào. Tuy nhiên, đến V-League 2016, Khắc Ngọc hoàn toàn “lột xác” và trở thành trụ cột của đội bóng xứ Nghệ.